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SNPs檢測(cè)方法
更新時(shí)間:2011-03-08   點(diǎn)擊次數(shù):3480次

SNPs檢測(cè)方法

定義

單核苷酸多態(tài)性( single nucleotide olymorphisms ,SNPs),主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA 序列多態(tài)性。

SNPs的研究意義

遺傳標(biāo)記

具有已知性、可遺傳性、可檢測(cè)性,用于疾病基因的定位、克隆和鑒定。

基因多態(tài)與疾病相關(guān)性

研究SNPs 本身對(duì)機(jī)體的影響,尤其是疾病的易感性、個(gè)性化醫(yī)療。

SNPs檢測(cè)方法的分類

1、測(cè)序方法:常規(guī)測(cè)序, Pyrosequencing(焦磷酸測(cè)序),微測(cè)序(SNaPshot)

2、基于雜交的方法:Taqman 探針法,Microarray 芯片法,

3、引物延伸:MALDI-Tof,dHPLC(變性液相色譜技術(shù))

4、以構(gòu)象為基礎(chǔ)的方法:RFLP,SSCP,DGGE

5、溶解曲線:HRM(高分辨率溶解曲線分析技術(shù))

溶解曲線

1、溶解曲線----HRM技術(shù)

步驟:

序列比對(duì)---引物設(shè)計(jì)--- DNA 提取---熒光染料(EvaGreen 或LC green)PCR ---結(jié)果分析。

優(yōu)點(diǎn):

高通量、簡單、快速、省錢、高靈敏度;

閉管檢測(cè),避免污染造成的假陽性;

可檢測(cè)已知和未知SNP;<400bp擴(kuò)增產(chǎn)物內(nèi)SNP,靈敏度和度100%。

與傳統(tǒng)的擴(kuò)增后需借助額外的儀器進(jìn)行凝膠電泳的非均一性的突變檢測(cè)(例如dHPLC)相比,HRM提供了更高特異性和靈敏度的檢測(cè),同時(shí)允許了更高的樣本檢測(cè)通量,大大降低了成本。

缺點(diǎn):

如LightCyclerTM 480 PCR 儀,或LightScanner 等少量儀器可以使用。專業(yè)技術(shù)要求高,需要專業(yè)人員操作。

HRM檢測(cè)成本構(gòu)成:

 DNA提取費(fèi)用;

 PCR反應(yīng)費(fèi)用;

 熒光染料Evagreen費(fèi)用(較低)。

HRM檢測(cè)SNP特點(diǎn):

檢測(cè)成本zui低;

*真正實(shí)現(xiàn)高通量的SNP檢測(cè)方法,人工成本zui低;

*閉管操作,步驟zui少,可靠性*

 

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